Or, les écoles commencèrent à réunir les noirs et les blancs en 1967. Les décisions de la Cour Fédéral autorisent les enfants noirs à assister aux cours des blancs et vice versa afin de renverser la ségrégation raciale. Cette expérience laissa une trace durable dans la famille Nelson. Prince abordera le sujet dans la chanson presque autobiographique "The sacrifice of Victor". Ainsi, Prince et Tika prennent ensemble le bus pendant l'essai judiciaire.
Agé de 10 ans, ses parents se séparent et s'engagent dans une procédure de divorce après 13 ans de mariage. Le père de Prince déménage de la maison familiale, ne laissant que son piano derrière lui. Mattie reçoit la maison de Logan Avenue. Après le départ de John, Mattie doit travailler dur pour assurer sa famille, laissant Prince et Tyka de prendre soin d'eux même la plupart du temps.
Au départ de son père du domicile familial, Prince commence à explorer librement les joies du piano laissé à la maison. Jouer de la musique devint un échappatoire et sa façon "d'exprimer ce que je ressentais à ce moment. Je passais beaucoup de temps seul et je me suis tourné vers la musique. Je jouais tout le temps. La musique remplissait mon temps perdu". Quelques années après le départ de John, Mattie épouse Haywood Baker. Prince eut quelques difficultés à s'adapter au discipline de son beau-père, et tous les deux ne s'entendent guère.
A 12 ans, Prince emménage chez son père, au sud du centre de Minneapolis. Prince suit les cours à la Bryant Junior High School (actuellement le Centre de la communauté Sabathani), proche de l'appartement de son père. Il prend part en des activités juvéniles à l'Eglise des Méthodistes de Park Avenue, supervisées par le Révérend Art Erickson. Egalement en cours avec Prince à la Bryant Junior High School, Duane Nelson dont la mère avait épousé John après son divorce avait Mattie, devient un ami proche de Prince.
Prince a souvent des moments durs à l'école et endure plusieurs mauvais traitement car il était si petit et si mince. Il a pas mal de surnom, dont "Princess" ou "Butcher dog", car ses camarades de classes trouvent qu'il ressemblait à un berger allemand. Cependant, il a beaucoup d'amis. Il joue dans l'équipe de basket de l'école en compagnie de ses amis Paul Mitchell et Duane, qui plus tard jouera à l'Université de Wisconsin - Milwaukee.
Prince entre à Central School, à l'âge de 14 ans. L'école est très proche de Bryant et à quelques pas de l'appartement de son père. Prince est si calme en classe que ses professeurs ne l'aperçoivent même pas. En dépit de cela, il obtient de bons résultat sans donner l'air de travailler dur. Beaucoup de camarades se souviennent de la timidité et du silence de Prince; la plupart inconscient de ses talents musicaux. Les plus proches se rappellent son sens de l'humour. Bien que Duane et lui fassent tout deux parties d'une bande, Prince était plus un fidèle qu'un leader. Il ne boit pas ni ne fume, et reste à l'écart dans les fêtes. Toutefois, Prince a une petite amie, une pom-pom girl qui s'appele Kim Upsher, qui restera une amie fidèle pendant plusieurs années.
Prince est plutôt bon en cours de musique, au cours de guitare et participe aux concerts aux bals de l'école, et il semble particulièrement doué naturellement dans tous les instruments dont il prend la peine d'étudier. Ses professeurs de musique ferment habituellement à clef la salle de musique pendant l'heure du déjeuner pour que Prince s'exerce sans être dérangé. Un de ses prof, Jim Hamilton se souvient de lui comme un étudiant enthousiaste sans être pour autant remarquable. Prince participe au cours extra-scolaires de Hamilton " Le monde de la musique". Comme il vient de trouver sa voie, Prince passe moins de temps à faire du sport et il quittera l'équipe de basket au cours de sa deuxième année d'étude. Il commence à devenir de plus en plus à l'écart et avait pour réputation d'être un solitaire.
Prince ne reste pas longtemps avec son père avant d'être viré par celui-ci après s'être fait prendre avec une fille dans l'appartement. Son père est très strict et ne tolère pas son fils ramener des filles à la maison. Prince décrira plus tard combien il s'excusa auprès de son père pour revenir chez lui. Prince reste temporairement avec sa tante Olivia, également très strict, une vieille femme très pieuse. Il voit régulièrement son père en week-end. Même si Olivia est bonne avec lui, elle n'a guère le temps à lui consacrer.